Στις 19 Μαΐου 1919 ο Μουσταφά Κεμάλ αποβιβάζεται στη Σαμψούντα για να ξεκινήσει τη δεύτερη και πιο άγρια φάση της Ποντιακής Γενοκτονίας, υπό την καθοδήγηση των γερμανών και σοβιετικών συμβούλων του. Μέχρι τη Μικρασιατική Καταστροφή το 1922 οι Ελληνοπόντιοι που έχασαν τη ζωή τους ξεπέρασαν τους 200.000, ενώ κάποιοι ιστορικοί ανεβάζουν τον αριθμό τους στις 350.000.
Ο γενοκτόνος δεν εξοντώνει μια ομάδα για κάτι που έκανε, αλλά για κάτι που είναι. Στην περίπτωση των Ελλήνων του Πόντου, επειδή ήταν Έλληνες και χριστιανοί.
Το 1915 ήταν μια χρονιά ορόσημο για τον ποντιακό ελληνισμό της Μικράς Ασίας. Τη χρονιά εκείνη, και ενώ όλα τα ευρωπαϊκά κράτη είχαν εμπλακεί στον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, οι Τούρκοι εκπόνησαν ένα σχέδιο εξόντωσης των χριστιανικών πληθυσμών της Μικράς Ασίας. Τον Ιούνιο πραγματοποιήθηκε η εξορία και στη συνέχεια η σφαγή των Αρμενίων, ενώ αρχίζουν οι πρώτες βιαιοπραγίες εναντίον του ποντιακού στοιχείου. Τον Δεκέμβριο του 1916 εκπονήθηκε από τους Τούρκους στρατηγούς Εμβέρ και Ταλαάτ σχέδιο εξόντωσης του άμαχου ελληνικού πληθυσμού του Πόντου που προέβλεπε «Άμεση εξόντωση μόνον των ανδρών των πόλεων από 16 έως 60 ετών και γενική εξορία όλων των ανδρών και γυναικόπαιδων των χωριών στα ενδότερα της Ανατολής με πρόγραμμα σφαγής και εξόντωσης».
Το πρόγραμμα ξεκίνησε 15 ημέρες αργότερα και εφαρμόστηκε κυρίως στις περιοχές της Σαμψούντας και της Πάφρας. Η περιοχή της Τραπεζούντας είχε γλιτώσει από τη μανία των Τούρκων διότι είχε καταληφθεί τον Απρίλιο του 1916 από τον ρωσικό στρατό. Όταν όμως οι Ρώσοι εγκατέλειψαν την πόλη τον Φεβρουάριο του 1918, τότε ο μισός περίπου πληθυσμός της περιοχής εγκατέλειψε τις εστίες του και ακολούθησε τον ρωσικό στρατό κατά την υποχώρησή του. Οι περισσότεροι από τους πρόσφυγες εγκαταστάθηκαν στην περιοχή του Καυκάσου και των παραλίων της Γεωργίας.
Οι Πόντιοι πίστεψαν ότι το τέλος του Α΄ Παγκόσμιου Πολέμου θα έφερνε και οριστικό τέρμα στα δεινά τους, αλλά διαψεύσθηκαν…
Οι εκκλήσεις τους για να συμπεριληφθούν στο ελληνικό κράτος δεν εισακούστηκαν από τον Ελευθέριο Βενιζέλο, ο οποίος θεωρούσε ότι ο Πόντος ήταν πολύ απομακρυσμένος από τις υπόλοιπες ελληνικές περιοχές με αποτέλεσμα να είναι αδύνατη η υπεράσπισή του από τις τουρκικές επιδρομές. Σε αντάλλαγμα πρότεινε να προχωρήσουν οι Πόντιοι στη δημιουργία μιας ομοσπονδίας με τους Αρμένιους, και πράγματι ο αρχιεπίσκοπος Τραπεζούντας Χρύσανθος Φιλιππίδης και ο πρόεδρος των Αρμενίων Αλέξανδρος Χατισιάν υπέγραψαν τον Ιανουάριο του 1920 συμφωνία για τη δημιουργία ποντοαρμενικού κράτους. Όμως τον Νοέμβριο του 1920 ο αρμενικός στρατός ηττήθηκε στο Ερζερούμ από τις δυνάμεις του Κεμάλ με αποτέλεσμα να συνθηκολογήσουν οι Αρμένιοι και να μείνουν οι Πόντιοι μόνοι τους. Έκτοτε και μέχρι τον Αύγουστο του 1922 ο Κεμάλ, έχοντας εκκαθαρίσει τα δευτερεύοντα μέτωπα στη Μικρά Ασία, προχώρησε ανενόχλητος στη σταδιακή εξόντωση του ποντιακού ελληνισμού. Οι πόλεις και τα χωριά κάηκαν, οι χωρικοί σφάχτηκαν, ατιμάστηκαν, εξορίστηκαν ή έφευγαν ομαδικά στα δάση και στα βουνά. Όσοι άνδρες συλλαμβάνονταν προωθούνταν στο εσωτερικό της Μικράς Ασίας. Υπολογίζεται ότι στο διάστημα 1914-1922 εξοντώθηκαν περίπου 200.000 Πόντιοι.
Οι Τούρκοι εκτόπιζαν και εξόριζαν τους Έλληνες μέσα στην βαρύτερη κακοκαιρία, χωρίς να τους επιτρέπουν να παραλάβουν ούτε τρόφιμα ούτε στρώματα. Τα κυβερνητικά όργανα που συνόδευαν τους εκτοπιζόμενους δεν επέτρεπαν στα θύματά τους να σταθμεύουν σε κατοικημένα μέρη, αλλά μόνο σε μέρη έρημα και εκτεθειμένα στις χειμερινές συνθήκες. Ο σκοπός ήταν διπλός: πρώτα να μην μπορούν να στεγασθούν και έπειτα να μην μπορούν να αγοράσουν τρόφιμα. Δεν επέτρεπαν για κανένα λόγο να δώσουν βοήθεια στους γέρους γονείς ή στα ανήλικα παιδιά και στους αρρώστους, οι οποίοι εγκαταλείπονταν στα φαράγγια και στα δάση και πέθαιναν από την πείνα ή αποτελειώνονταν από την λόγχη των Τούρκων. Σε διάφορα μέρη της χώρας ιδρύθηκαν λουτρώνες δήθεν για στρατιωτικούς λόγους. Τα κυβερνητικά και αστυνομικά όργανα που οδηγούσαν τους μετατοπιζόμενους εξανάγκαζαν τους δυστυχείς για λόγους δήθεν υγιεινής να λουστούν. Έβαζαν κατά εκατοντάδες άνδρες, γυναίκες και παιδιά στα λουτρά, γυμνούς, με θερμοκρασία 40 βαθμών. Τα ενδύματα των δυστυχών λεηλατούνταν. Όταν έβγαιναν από το λουτρό, τους εξανάγκαζαν να παρατάσσονται στο χιόνι και με θερμοκρασία κάτω του μηδενός και να περιμένουν επίσκεψη του αστυνόμου για καταμέτρηση, ο οποίος ποτέ δεν ερχόταν πριν από μία ώρα. Έπειτα άλλη μία ώρα περίμεναν τον γιατρό για ιατρική επιθεώρηση.
Κατά την επιθεώρηση χαρακτηρίζονταν άρρωστοι οι νεότεροι και υγιέστεροι, οι οποίοι θανατώνονταν κατά την αποστολή στο νοσοκομείο.
Από την έκρηξη του Α΄ Παγκόσμιου Πολέμου (1914) ως τη Μικρασιατική Καταστροφή (1922), οι Νεότουρκοι με τα σκληρά μέτρα που έλαβαν εναντίον των Ελλήνων του Πόντου με τη μέθοδο των εξοριών, βιασμών, σφαγών, εξανδραποδισμών και απαγχονισμών (κατά τον Πανάρετο Τοπαλίδη) εξόντωσαν:
α. κατά την περίοδο 1914-1918 170.576 Ποντίους
β. κατά την περίοδο 1918-1922 119.122 Ποντίους
συνολικά 289.698 Ποντίους
ποσοστό δηλαδή 41,56% σε σύνολο 697.000 Ελλήνων κατοίκων, ενώ κατά τον Γ. Βαλαβάνη οι απώλειες των Ποντίων σύμφωνα με τη Μαύρη Βίβλο του Κεντρικού Συμβουλίου των Ποντίων στην Αθήνα ανέρχονται σε 303.238 ως το 1922, και 353.000 ως το Μάρτιο του 1924, ποσοστό που ξεπερνά το 50% του ολικού πληθυσμού των Ελλήνων του Πόντου.
Από το βιβλίο του Βλάση Αγτζίδη Έλληνες του Πόντου.
